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Desarrollo de métodos para el mejoramiento de la capacidad de identificación de péptidos mediante espectrometría de masas de tiempo de vuelo Miguel Francisco García Vera

By: García Vera, Miguel Francisco.
Contributor(s): Costa Vera, César Augusto [Director de Tesis].
Material type: Mixed materialsMixed materialsPublisher: QUITO EPN 2011Description: 126 p.: il.; + CD 3696.Subject(s): ESPECTROMETRIA DE MASAS | FISICA DE IONES | PROTEOMICA | DISOCIACION INDUCIDA POR COLISIONESOther classification: T-FCF Online resources: Este ítem está sujeto a una licencia Creative Commons Dissertation note: FACULTAD DE CIENCIAS Tesis (Físico). -- Escuela Politécnica Nacional. 2011 Summary: La metodología estándar para la identificación de péptidos y proteínas consiste en la utilización de espectrometría de masas en conjunto con técnicas de fragmentación molecular, como la disociación inducida por colisiones (CID). En este trabajo se introducen dos métodos para mejorar la tasa de identificación de péptidos y proteínas. Para el primer método, hemos desarrollado un algoritmo automático (no supervisado) para recalibrar conjuntos de datos de corridas de LC/TOF-MS. El error promedio en la determinación de la masa se redujo de decenas de ppm a menos de un ppm. La dispersión del error mejoró hasta diez veces luego de la recalibración. En el segundo, se introduce un esquema de re-scoring de los péptidos identificados previamente mediante un programa comercial para realizar de novo sequencing El esquema utiliza la información presente en los espectros de fragmentación adquiridos a diferentes energías de colisión (15 eV, 35 eV y 55 eV). Los datos adquiridos a 35 eV y 55 eV fueron utilizados para obtener información de canales de fragmentación en fragmentos de tipo a, c, x, z y iones immonio. La tasa de aminoácidos y péptidos correctamente identificados luego del procedimiento de re-scoring se incrementó hasta en un 10%.
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Tesis Tesis BIBLIOTECA GENERAL
T-FCF/CD 0111 (Browse shelf) Ej. 1 Not For Loan NF-280
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FACULTAD DE CIENCIAS Tesis (Físico). -- Escuela Politécnica Nacional. 2011

Incluye referencia bibliográfica

La metodología estándar para la identificación de péptidos y proteínas consiste en la utilización de espectrometría de masas en conjunto con técnicas de fragmentación molecular, como la disociación inducida por colisiones (CID). En este trabajo se introducen dos métodos para mejorar la tasa de identificación de péptidos y proteínas. Para el primer método, hemos desarrollado un algoritmo automático (no supervisado) para recalibrar conjuntos de datos de corridas de LC/TOF-MS. El error promedio en la determinación de la masa se redujo de decenas de ppm a menos de un ppm. La dispersión del error mejoró hasta diez veces luego de la recalibración. En el segundo, se introduce un esquema de re-scoring de los péptidos identificados previamente mediante un programa comercial para realizar de novo sequencing El esquema utiliza la información presente en los espectros de fragmentación adquiridos a diferentes energías de colisión (15 eV, 35 eV y 55 eV). Los datos adquiridos a 35 eV y 55 eV fueron utilizados para obtener información de canales de fragmentación en fragmentos de tipo a, c, x, z y iones immonio. La tasa de aminoácidos y péptidos correctamente identificados luego del procedimiento de re-scoring se incrementó hasta en un 10%.

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