Descripción estadística del proceso de plegamiento del lazo 36 de la cadena AH2 de la Hemaglutinina / Jaime Rodrigo Calderón Figueroa

By: Calderón Figueroa, Jaime RodrigoContributor(s): Bayas Rea, Marco Vinicio [Director]Material type: Mixed materialsMixed materialsQuito : EPN, 2015Description: 78 hojas : ilustraciones, 29 x 21 cm + CD-ROM 6484Subject(s): Física | EstadísticaOther classification: T-FCF/ Online resources: Texto completo
Contents:
LA BIBLIOTECA CENTRAL NO DISPONE DE ESTA TESIS EN FORMATO PAPEL.
Dissertation note: FACULTAD DE CIENCIAS Tesis (Físico). -- Escuela Politécnica Nacional. 2015 Summary: Resumen .- En este trabajo se estudió la transición del lazo 36 de la Hemaglutinina entre sus estados no-fusogénico y fusogénico con un enfoque mecano-estadístico. El muestreo inicial del espacio conformacional entre dichos estados, realizado mediante una simulación TMD, encontró 11 grupos intermedios, denominados pseudo-conformaciones. Éstos fueron un punto de partida para explorar las conformaciones propiamente dichas, de las cuales se identificaron 321 en total. A lo largo de la trayectoria TMD se encontró un “pozo de entropía” con una energía asociada de 1.2 kcal/mol, así como una barrera de entálpica de (279.93 ± 34.41) kcal/mol. El entorno de energía potencial construido es una superficie rugosa con 2 mínimos pronunciados y líneas equipotenciales asociadas a diferentes pseudo-conformaciones, lo cual sugiere la posibilidad de transiciones naturales entre las conformaciones exploradas por éstas. Se propusieron 16 transiciones, basados en la información contenida en: las dos primeras componentes principales (48.36% de la varianza de los datos), el radio de giro y el RMSD de las estructuras.Summary: Abstract .- In this work, we studied the transition of Hemagglutinin’s loop-36 between its non-fusogenic and fusogenic states, with a statistical mechanics approach. The initial sampling of the conformational space between this states, performed through a TMD simulation, found 11 intermediate groups (pseudo-conformations). They were the “seed” of the properly called conformations, of which we identified 321 in total. Along the TMD trajectory, we found an “entropic well” with an associated energy of 1.2 kcal/mol, as well as an enthalpic barrier of (279.93± 34.41) kcal/mol. The constructed potential-energy landscape is a rugged surface with 2 pronounced minimums and equipotential lines associated to different pseudo-conformations, which suggests the possibility of natural transitions between conformations explored by them. We proposed 16 transitions, based on the information contained in the first 2 principal components (48.36% of the data variance), the gyration radius and the RMSD of the structures.
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Tesis Tesis BIBLIOTECA GENERAL
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FACULTAD DE CIENCIAS Tesis (Físico). -- Escuela Politécnica Nacional. 2015

Bibliografía: páginas 61 - 65.

LA BIBLIOTECA CENTRAL NO DISPONE DE ESTA TESIS EN FORMATO PAPEL.

Resumen .- En este trabajo se estudió la transición del lazo 36 de la Hemaglutinina entre sus estados no-fusogénico y fusogénico con un enfoque mecano-estadístico. El muestreo inicial del espacio conformacional entre dichos estados, realizado mediante una simulación TMD, encontró 11 grupos intermedios, denominados pseudo-conformaciones. Éstos fueron un punto de partida para explorar las conformaciones propiamente dichas, de las cuales se identificaron 321 en total. A lo largo de la trayectoria TMD se encontró un “pozo de entropía” con una energía asociada de 1.2 kcal/mol, así como una barrera de entálpica de (279.93 ± 34.41) kcal/mol. El entorno de energía potencial construido es una superficie rugosa con 2 mínimos pronunciados y líneas equipotenciales asociadas a diferentes pseudo-conformaciones, lo cual sugiere la posibilidad de transiciones naturales entre las conformaciones exploradas por éstas. Se propusieron 16 transiciones, basados en la información contenida en: las dos primeras componentes principales (48.36% de la varianza de los datos), el radio de giro y el RMSD de las estructuras.

Abstract .- In this work, we studied the transition of Hemagglutinin’s loop-36 between its non-fusogenic and fusogenic states, with a statistical mechanics approach. The initial sampling of the conformational space between this states, performed through a TMD simulation, found 11 intermediate groups (pseudo-conformations). They were the “seed” of the properly called conformations, of which we identified 321 in total. Along the TMD trajectory, we found an “entropic well” with an associated energy of 1.2 kcal/mol, as well as an enthalpic barrier of (279.93± 34.41) kcal/mol. The constructed potential-energy landscape is a rugged surface with 2 pronounced minimums and equipotential lines associated to different pseudo-conformations, which suggests the possibility of natural transitions between conformations explored by them. We proposed 16 transitions, based on the information contained in the first 2 principal components (48.36% of the data variance), the gyration radius and the RMSD of the structures.

Jaime Rodrigo Calderón Figueroa Cedido 2015/09/09 42197 $ 0.20 Ej. 1 Biblioteca Central

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